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生化工艺针对高浓度氨氮化合物选择A/O为主体的工艺，确保生化阶段保留足够的停留时间。
硝化系统中进行脱氮的硝化微生物(硝化菌)属于自养微生物，其微生物繁殖速度较慢，即世代周期较长，在实际设计和工程运用中体现为硝化泥龄必须很长，传统的反硝化、硝化工艺受制于反应器的尺寸、污泥流失等因素在处理高浓度氨氮废水时往往不能够硝化完全。
而MBR膜生化反应器工艺由于其对微生物完全截留，使微生物的泥龄远超过了硝化微生物生长所需的时间，并且可以繁殖、聚集达到完全硝化所需的微生物浓度，这样使得氨氮能够完全硝化。
工程实例表明，两级A/O+外置式膜生化反应工艺的氨氮去除效果可以达到95%以上。
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